A classificação consiste, primordialmente, em um esforço da parte dos cientistas em descobrir, reconstruir e, dentro do possível, esclarecer a filogenia (= história evolutiva) de um dado organismo ou grupo de organismos. Tal esforço é parte da área designada como Sistemática, ou seja, o estudo da diversidade biológica e da organização. Nesta área, os organismos são classificados dentro de diferentes níveis, ou táxons (reino, filo, classe,ordem, família,gênero e espécie, mais comumente).
Ao longo do tempo, os esquemas propostos para sistematizar os seres vivos têm sofrido muitas mudanças.
Em meado do século XVIII, Carolus Linnaeus (Lineu)introduziu um primeiro sistema de classificação, composto de apenas dois reinos (plantas e animais), em combinação com sistema binomial para a nomenclatura dos seres até então conhecidos (com nome foi tão bem aceito que prevalece até hoje, com os necessários ajustes. O sistema de classificação, embora com óbvias imperfeições, também persistiu como referência por quase duzentos anos.
Em 1959, Robert Wittaker (ecologista norte-americano) instituiu um sistema de cinco reinos constituído por Monera (procariotas, unicelulares,autotróficos ou heterotróficos; presença de ribossomos no citoplasma; são as bactérias em geral),Protista (= Protoctista: eucariotas, uni ou eventualmente multicelulares, por vezes coloniais; inclui as algas, protozoários, mofos-do-lodo e muitas outras formas aquáticas, parasitas ou de vida livre, menos conhecidas), Plantae(eucariotas, multicelulares com parede contendo celulose, autotróficos; são as plantas em geral), Fungi (eucariotas, multicelulares, não móveis, heterotróficos, com ciclo de vida e padrão de reprodução peculiares; inclui os fungos e cogumelos) e Animalia (eucariotas,multicelulares, móveis, heterotróficos; são os animais). Esse sistema tem persistido por décadas, tendo sido utilizado várias vezes como modelo básico a partir do qual novas propostas, incluindo adaptações de intensidade variável, foram criadas.
Mais recentemente, graças ao suporte oferecido pelas avançadas técnicas de Biologia Molecular hoje disponíveis, subsídios originais e muito significativos sobre a filogenia dos organismos procariotas e eucariotas têm sido dados a conhecer,propiciando a formulação de novos sistemas de classificação.
Segundo um destes, de Woese, Kandler & Wheelis (1990), um novo nível ou táxon, o domínio,hierarquicamente superior ao reino, passaria a existir. Assim, haveriam três domínios: Bacteria,Archaea e Eukarya. Os organismos pertencentes a Bacteria e Archaea são representados por todas as formas conhecidas de procariotas, confinadas a um único reino, Monera, dentro do sistemade Wittaker.Embora tendo o traço básico comum de serem procariotas, há várias diferenças entre os membros de Bacteria e Archaea. Em Bacteria incluem-se organismos bem mais comuns e com maior diversidades que os Archaea,como, por exemplo, as proteobactérias,cianobactérias, espiroquetas e clamídias. Em Archaea, estão compreendidos três grupos de formas procariotas de hábitos incomuns, adaptadas à vida sob condições ambientes extremas(os "halófilos extremos": em meios altamente salinos, como água contendo concentração salina acima de 15%; os "metanógenos", habitantes de ambientes praticamente anaeróbicos, como o
fundo de lodos/pântanos ou o interior do trato intestinal de certos animais;e os "hipermertófilos", encontrados em água muito quente, às vezes superior a 100 ºC, como nas fontes termais do Parque Yellowstone, nos Estados Unidos). No domínio Eukarya, estão compreendidos os organismos com células eucarióticas, isto é, dotadas de organelas com membrana, inclusive mitocôndrios e cloroplastos, quais sejam os pertencentes, segundo o sistema de Wittaker, aos reinos Protista, Fungi, Plantae e Animalia. Estes representam, sem dúvida, a imensa maioria dos seres vivos, sendo também os mais estudados e conhecidos do público em geral.
Portanto, a classificação dos organismos foi, é e continuará sendo alvo de constantes mudanças, destinadas a mantê-las,tanto quanto possível, atualizadas e coerentes com o nível de conhecimento científico acumulado pelo homem. O advento e o uso intensivo de avançadas técnicas biomoleculares têm proporcionado igualmente, nos últimos anos, maior e mais profundo conhecimento a respeito da filogenia dos diversos grupos de seres vivos, motivando,da parte de especialistas, sucessivas propostas de alterações (comumente marcantes) nas relações de parentesco entre eles.
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